ラボのお話

2018年06月10日

指導と管理が甘い

やっぱりレスキューできない。
事の経緯は以下の通り。

1、学生さんの最初に作ったレスキューしました!というウエスタンが実はバンドの切り張りだったことが判明。

2、レビューアーの要求もあり図を作り直させたところ、違う図になって帰ってきた(今回は切り張りなし。なぜ最初からこの図を出さなかったの?という疑問が湧く)。

3、スキャンした元のフィルムを要求したところ、各レーンに何も情報がない。実験をした日時すら無し。これは信用できない、という結論。

さらに最初の図を使っている博士論文を細かくチェックしてみると、他の図にはきちんとindependentに3回やった、というような表記があるにもかかわらず、この図には"Repeat 3 times"としか書かれていない。つまりテクニカルトリプリケートであって、独立した複数の実験から代表のウエスタンをとったわけではない。

結論。やり直し。

でもって、私が複数回やったところ全然レスキューできない。ちなみに学生さんは、ステージ8で処理してステージ11でウエスタンしているのだが、彼女の胚のフェノタイプを示した写真をみると彼女のいうステージ11は実際はステージ10.5なんですよね。なので一縷の望みにかけてステージ10.5の胚をウエスタンしてみたけれど、やっぱりレスキューできてなかった、、、orz

今回わかったこと。エンリケや審査員はきちんと博士論文を読んでない。

誰かつっこめよー!!!(怒)

ちなみに投稿論文を読んだ時に、これってステージ10.5じゃないかなーと思ったんですが、誰も突っ込まないので、そうなのかな!と勝手に納得してましたが、きちんとステージ11でサンプル取ってレスキューできないのでエンリケにこれってステージ11なの? ってメールで聞いたら、カエルのステージ図をわざわざ添付して。ステージ10.5に見える、という返事でした。きちんと今まで見てなかったわけですね、、、。

なんというか、彼女は捏造するような子では絶対ないと思う。今回は明らかに上の指導者がきちんと管理してなかったためだろうね。ステージングすらきちんと習ってないんだもの。彼女がラボにきた当時は同胞(中国人)の先輩学生がいっぱいいたため、全て中国語で喋っていたから私が知る由もないし、当時は私はこのプロジェクトに全く関与していなくて(ニックのコンストラクト作ったくらい)、他の中国人が卒業して私が指導プラスプロジェクトに関与するようになったときはすでに彼女の最終年だったから、さすがにステージングとかゲルのプレゼンテーションの仕方とか教えるはずもなく、、、。

さてカイオーガ。前回登場した時は、とにかく捕獲率が悪くて、もうレイド自体に行くのがいやになっていたのですが、今回は現在まで4戦4勝。しかも攻撃値15の93%取ったので満足。あとは色違いかなぁ〜。出るときはすぐ出るので、運任せ。金曜日夜8時に近所のExジムでカイオーガが出たので、スティーブンを無理やり誘ってレイドに参加したのですが、スティーブンは車で行くというので乗って行ったら、途中コイキングがいたのですがタップして色違いチェックしたのみで捕獲せず、隣にいたヤミカラスをタップしたら色違いでした!!!うれしー。ヤミカラスは初色違いです。

africanfrog at 08:50|PermalinkComments(0)

2018年04月24日

いろいろ

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先週は20度まで気温が上がって天気もよく、週末はガーデニング頑張ったんですが、今週はすっかりイギリスの天気に戻って雨。せっかくの砂イベントなのにー。

これは土曜日散歩に行って、撮ったチューリップとロゼリア。
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月曜日から真剣にポケスト回ってヒトカゲゲットできるタスク探してるんですが、帰りに真剣にポケ活しながら歩いてたら、駅の近くの通りでエンリケとすれ違った。私は歩きスマホしてて気付かず。すれ違ったときにエンリケがHi Shoko!と言って気付いたw 恥ずかしー。しかしエンリケはなぜあそこで歩いていたんだろう?

まだ色違いホエルコとれてませんが、今日の夕方帰る途中にスミス前の教会のラティアスレイドに行ったのですが、通りの向こうにコイキングが居たのでタップしたら金コイでした❗

論文の実験で全然学生さんの結果と一致せず、というかそもそも彼女がやってない実験で新しいデータが出るのは当然なんだけどどう扱っていいかわかんない😭💦💦 もうすごいストレスで、抜け毛はひどいは肩こりと頭痛、夜は寝れない。orz 私は最初から仕切り直したいが、エンリケのグラント申請締め切りが5月末で、彼はとにかく投稿したそう、、、。


africanfrog at 20:18|PermalinkComments(0)

2018年04月18日

カントーイベント最終日の出来事

中国に帰った学生さんの論文のレビューが帰ってきたのが1月だったかな。せっかく一本終わったのに休む間もなく怒涛の実験が始まったのだが、彼女にレビューアーの提案、質問に答えるにはどうしたら良いか、どんなデータがあるか、ずっと聞いてるのにこなかった。そして数週間前に彼女のリクエストでスカイプをしたが、やはり何もやってない。そして同じ要求をこちら側からした。そしてこの日、やっと彼女のデータがドロップボックスにアップロードされていた。
レビューアーからの要求の中に、ウエスタンの図が切り取りされすぎでスタンダードでないので、やり直せというのがあったのですが、彼女は青バックグラウンドのそのままのバンド写真をつけてました。肝心なマーカーついてないし。それをみると、なんか最初に投稿した図と違う?と思い、彼女の投稿した際に作ったイラストレーターファイルをみると、二つの違うゲルからのバンドがあたかも同一のゲルにあるように操作されていました。一方そのローディングコントロールのチューブリンのバンドは一つのゲルから、、、、。
!!!!!!!!!

その図は、彼女のphD論文にも入っています。もし外部の誰かが気づいた場合、やばくね?論文の方はアクセプトされる前に気づいたからよかったですが。これで彼女の送ってくれた新しい図も信じられません。エンリケも同様で、エンリケがメールで、スキャンしたそのままの写真を要求しています。

イベント最終日、帰りに駅にミニリュウいたんですが、色違いでした!イベント後もやっぱりいるんだー!やはりテンション上がります。でも飴にできなくてボックス圧迫しちゃうんですが。。

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2018年04月14日

結局

今日せっかく天気がいい土曜日なのに家にこもって半日自分のデータをいじってみたり調べたりして、結局、”マイナス”ΔCTをy軸にすることにした(そのままΔCT値を載せると、発現の増加と減少が全く逆になるので)。しかしボスやレビューアーがfold changeにしろと言ったら困るが。そもそもいろんな論文を見ても、fold changeの図にエラーバーと検定のp値がのっている。テクニカルトリプリケート以外でどうやったらそうなるのかわからん。ΔCT値は正規分布になっているので、t-testで簡単♪

さて最近は忙しいのと、ラティアスの捕獲率のあまりの悪さのためラティアスはやりたくない、さらにカントーイベントに伴い新しいレイドボスがきたので、時間のある時はそちらをやっている。先日構内のジムでオムスターがいたのでやってみた。すでに誰か入っていたので、プライベートコードを作って入室。が気づいた時は遅し。雨ブーストかかってる!!!実際の天気は明るめの曇りだったから全然気づかなかった、、、orz やるしかない!朝のうちに強化しておいたハードプラントのフシギバナとナッシー軍団プラス雨ブーストのサンダース等入れてみた。なんとかギリギリ勝てた。もうドキドキもん。

金曜日の朝にピカデリー駅に着いた時、駅ジムでイワークレイドやっていたので入室。マックス強化した色違いギャラドスとハードプラントのフシギバナ、カイオーガをトップに入れた。開始ギリギリのところで誰かが入ってきたので、急いで出た。相手がレベル20台だったらそのまましたけれど、34だった。でも少し悪かったかも、、、。今後は誰もいなくてもソロする時は鍵をかけよう。3体目のカイオーガに入ったところで終了。オンボロイドなので、イワークはフェイントしたのにタイマーがまだ動いてて、ギリギリになった。。。

この日の夕方久しぶりにウイットワース公園で5玉レイドがあったので、帰りに寄ってきた。そしたらそれが当たったらしく、その夜Exレイドパスが来た。

私はきちんと考えてなくても、タイミングがうまくいくことがよくあり、今回は月曜日。
先日物品発注システムが変わるからトレーニングに来い、というメールがありました。その日時の書いてある表をパッとみると、どうやら月曜日と火曜日の2回。どちらも9時半から12時半。火曜日はGMコミッティーかなんかのミーティングと重なるため、ラボのミーティングと重なるけど選択肢がないと思い、月曜日の予約したんです。そのあとじっくりメールをみたら、月曜日は実は午後のセッションもあることに気づいた。

ちなみにこの表。

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で午後に変更したらラボミーティングは出れるな、とサイトに行ってみるも、どの日ももう埋まっていた。。。仕方ない、そのままにしておこう〜と思ったら、Exレイド13時から(w 変えなくて良かった(w しかも他のビルであるトレーニングの後なので、そのままレイドに行ったら誰にも気づかれない(ww

africanfrog at 16:28|PermalinkComments(0)

どうしたらいいのか

ううむ。今週はリアルタイムPCRやりまくって、データは出たのだけれど、木曜日からデータ整理してるんだけどどうやってプレゼン、統計処理したらいいのかわからない。そもそもΔΔCT法は、コントロールが絶対1なのに、なぜみんなエラーバーがついてるの?!!!!いろいろ考えた末、テクニカルとバイオロジカルの違いなのだろうか、、、?私はバイジカルで、違う個体から抽出したサンプルを別のプレートに乗っけてるので、それぞれのコントロールは絶対1出なければ比較できん。でもっていろいろ調べてたら、もともとのΔΔCT法の論文では、

statistical tests should not be run on the raw CT data and s.d. should always be calculated after the 2DDCT, 2DCT or 2Ctransformation has been performed.

となっていますが、コントロールが全部1だと統計処理ソフトウェアが動いてくれません(w でそもそもいろんな計算、しかもログとか関与するので、その数値を統計に使うのはよくないという意見もたくさんあるようです。ΔCT値だと正規分布に従うらしい。確かに私の大量のデータをみると確かにそうだ。しかし図にするにはやはりfold changeがいいわけだが、そうするとどうやってΔCTの段階で出した標準偏差をつけるのか、、、。しばらく悩むことになりそう。なんかいいレビューも見つからないし、昨今の論文見ても大抵ΔΔCT法で出してるよねー。




africanfrog at 11:46|PermalinkComments(0)