ラボのお話

2018年04月24日

いろいろ

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先週は20度まで気温が上がって天気もよく、週末はガーデニング頑張ったんですが、今週はすっかりイギリスの天気に戻って雨。せっかくの砂イベントなのにー。

これは土曜日散歩に行って、撮ったチューリップとロゼリア。
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月曜日から真剣にポケスト回ってヒトカゲゲットできるタスク探してるんですが、帰りに真剣にポケ活しながら歩いてたら、駅の近くの通りでエンリケとすれ違った。私は歩きスマホしてて気付かず。すれ違ったときにエンリケがHi Shoko!と言って気付いたw 恥ずかしー。しかしエンリケはなぜあそこで歩いていたんだろう?

まだ色違いホエルコとれてませんが、今日の夕方帰る途中にスミス前の教会のラティアスレイドに行ったのですが、通りの向こうにコイキングが居たのでタップしたら金コイでした❗

論文の実験で全然学生さんの結果と一致せず、というかそもそも彼女がやってない実験で新しいデータが出るのは当然なんだけどどう扱っていいかわかんない😭💦💦 もうすごいストレスで、抜け毛はひどいは肩こりと頭痛、夜は寝れない。orz 私は最初から仕切り直したいが、エンリケのグラント申請締め切りが5月末で、彼はとにかく投稿したそう、、、。


africanfrog at 20:18|PermalinkComments(0)

2018年04月18日

カントーイベント最終日の出来事

中国に帰った学生さんの論文のレビューが帰ってきたのが1月だったかな。せっかく一本終わったのに休む間もなく怒涛の実験が始まったのだが、彼女にレビューアーの提案、質問に答えるにはどうしたら良いか、どんなデータがあるか、ずっと聞いてるのにこなかった。そして数週間前に彼女のリクエストでスカイプをしたが、やはり何もやってない。そして同じ要求をこちら側からした。そしてこの日、やっと彼女のデータがドロップボックスにアップロードされていた。
レビューアーからの要求の中に、ウエスタンの図が切り取りされすぎでスタンダードでないので、やり直せというのがあったのですが、彼女は青バックグラウンドのそのままのバンド写真をつけてました。肝心なマーカーついてないし。それをみると、なんか最初に投稿した図と違う?と思い、彼女の投稿した際に作ったイラストレーターファイルをみると、二つの違うゲルからのバンドがあたかも同一のゲルにあるように操作されていました。一方そのローディングコントロールのチューブリンのバンドは一つのゲルから、、、、。
!!!!!!!!!

その図は、彼女のphD論文にも入っています。もし外部の誰かが気づいた場合、やばくね?論文の方はアクセプトされる前に気づいたからよかったですが。これで彼女の送ってくれた新しい図も信じられません。エンリケも同様で、エンリケがメールで、スキャンしたそのままの写真を要求しています。

イベント最終日、帰りに駅にミニリュウいたんですが、色違いでした!イベント後もやっぱりいるんだー!やはりテンション上がります。でも飴にできなくてボックス圧迫しちゃうんですが。。

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2018年04月14日

結局

今日せっかく天気がいい土曜日なのに家にこもって半日自分のデータをいじってみたり調べたりして、結局、”マイナス”ΔCTをy軸にすることにした(そのままΔCT値を載せると、発現の増加と減少が全く逆になるので)。しかしボスやレビューアーがfold changeにしろと言ったら困るが。そもそもいろんな論文を見ても、fold changeの図にエラーバーと検定のp値がのっている。テクニカルトリプリケート以外でどうやったらそうなるのかわからん。ΔCT値は正規分布になっているので、t-testで簡単♪

さて最近は忙しいのと、ラティアスの捕獲率のあまりの悪さのためラティアスはやりたくない、さらにカントーイベントに伴い新しいレイドボスがきたので、時間のある時はそちらをやっている。先日構内のジムでオムスターがいたのでやってみた。すでに誰か入っていたので、プライベートコードを作って入室。が気づいた時は遅し。雨ブーストかかってる!!!実際の天気は明るめの曇りだったから全然気づかなかった、、、orz やるしかない!朝のうちに強化しておいたハードプラントのフシギバナとナッシー軍団プラス雨ブーストのサンダース等入れてみた。なんとかギリギリ勝てた。もうドキドキもん。

金曜日の朝にピカデリー駅に着いた時、駅ジムでイワークレイドやっていたので入室。マックス強化した色違いギャラドスとハードプラントのフシギバナ、カイオーガをトップに入れた。開始ギリギリのところで誰かが入ってきたので、急いで出た。相手がレベル20台だったらそのまましたけれど、34だった。でも少し悪かったかも、、、。今後は誰もいなくてもソロする時は鍵をかけよう。3体目のカイオーガに入ったところで終了。オンボロイドなので、イワークはフェイントしたのにタイマーがまだ動いてて、ギリギリになった。。。

この日の夕方久しぶりにウイットワース公園で5玉レイドがあったので、帰りに寄ってきた。そしたらそれが当たったらしく、その夜Exレイドパスが来た。

私はきちんと考えてなくても、タイミングがうまくいくことがよくあり、今回は月曜日。
先日物品発注システムが変わるからトレーニングに来い、というメールがありました。その日時の書いてある表をパッとみると、どうやら月曜日と火曜日の2回。どちらも9時半から12時半。火曜日はGMコミッティーかなんかのミーティングと重なるため、ラボのミーティングと重なるけど選択肢がないと思い、月曜日の予約したんです。そのあとじっくりメールをみたら、月曜日は実は午後のセッションもあることに気づいた。

ちなみにこの表。

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で午後に変更したらラボミーティングは出れるな、とサイトに行ってみるも、どの日ももう埋まっていた。。。仕方ない、そのままにしておこう〜と思ったら、Exレイド13時から(w 変えなくて良かった(w しかも他のビルであるトレーニングの後なので、そのままレイドに行ったら誰にも気づかれない(ww

africanfrog at 16:28|PermalinkComments(0)

どうしたらいいのか

ううむ。今週はリアルタイムPCRやりまくって、データは出たのだけれど、木曜日からデータ整理してるんだけどどうやってプレゼン、統計処理したらいいのかわからない。そもそもΔΔCT法は、コントロールが絶対1なのに、なぜみんなエラーバーがついてるの?!!!!いろいろ考えた末、テクニカルとバイオロジカルの違いなのだろうか、、、?私はバイジカルで、違う個体から抽出したサンプルを別のプレートに乗っけてるので、それぞれのコントロールは絶対1出なければ比較できん。でもっていろいろ調べてたら、もともとのΔΔCT法の論文では、

statistical tests should not be run on the raw CT data and s.d. should always be calculated after the 2DDCT, 2DCT or 2Ctransformation has been performed.

となっていますが、コントロールが全部1だと統計処理ソフトウェアが動いてくれません(w でそもそもいろんな計算、しかもログとか関与するので、その数値を統計に使うのはよくないという意見もたくさんあるようです。ΔCT値だと正規分布に従うらしい。確かに私の大量のデータをみると確かにそうだ。しかし図にするにはやはりfold changeがいいわけだが、そうするとどうやってΔCTの段階で出した標準偏差をつけるのか、、、。しばらく悩むことになりそう。なんかいいレビューも見つからないし、昨今の論文見ても大抵ΔΔCT法で出してるよねー。




africanfrog at 11:46|PermalinkComments(0)

2018年03月17日

雑用と実験

なんかのんびり構えてたら、エンリケに論文の締め切り(revised)今月末だから、と言われてさすがにやばいとプライオリティ優先でやり始めたものの、結構大変。学生さんがやったのは、一つの濃度で、ステージ11固定なので、朝胞胚にインジェクションして午後固定、で多分簡単だったんですが、レビュアーが要求したのは幾つかの段階濃度(?)でさらにステージも10, 11, 12.5。なので最近は朝7時半にラボにきて準備(インジェクションする阻害剤が、毎回ph合わせて調整しないといけない。冷凍保存すると活性が弱まるため)、前日に受精させて低温で発生させた胚のゼリーをとって8時からインジェクション。3つプラスコントロールの4グループで、30分以内にインジェクションを終わらせたいのでせいぜい50個/グループ。そしてRNA用、ウエスタン用、in situ用に3ステージで固定。次の日に確実にフェノタイプが出ているかチェック用に8−10個ほど残すことになるので、in situは4つプローブがあるので、とてもじゃないけど3回の実験では数を集めるのが無理ー!!!でもってステージ12.5に達するのはその日の夕方6時。今週は2回頑張ったが、来週も最低2回はやらないといけない。。。in situはテクニシャンがやってくれるのですが、RNAとってqPCRもプライマー8種類くらい、、、orz まじかよー。私が筆頭著者になってもいいくらいやん。

さらに今年は雑用が増えた。全て動物施設関連。どうやら去年、数件アニマルライセンスの違反があったらしく、それをなくすために、実験前に計画書を事前に動物施設に出すことになった。つまりおたまの尾っぽ再生実験は、実験5日前までに計画書を出さなくてはならない。なるだけスムーズに行くように、学生やポスドクが書いた計画書が私のところに来て、チェックしてエンリケのサインをつけて提出することになる。ホルモン注射は出さなくていいことになっているが、新しいかかりつけ(?)の獣医が、ホルモンインジェクションする前にカエルの健康状態をチェックしたいと言い出した。これまたなるだけスムーズに無駄のないように獣医さんを呼ぶには、私がレービス、トロピ両方にチェックを入れて、なるだけ一回の訪問でできるだけカエルをチェックしてもらうということになった。早速次の火曜日に来てくれることになっている。

さて今日はExレイド。昼から+スティーブンが今日は行かないというので、今朝早く買い物済ませて、電車でGo。レイドの後に昨日固定した胚のメタノール置換とフェノタイプのチェックと写真撮りやなー。しかし今日むちゃくちゃ寒いねん。。強風プラス小雪。ジーンズの下にレギンスはいてExに臨もう。仕事が早く済んでチャンスがあれば、ルギア行きたい。一応93%攻撃Fのルギア持ってますが、色違い狙いやねー、やっぱ。ルギアといえばタイローンと初めて出会ったのが、初めてのルギアレイド@MMUのジョンダルトン銅像ジムだった、、、。


africanfrog at 09:21|PermalinkComments(0)